Wie bei allen Haus- und Nutztieren stellen Krankheiten und Schädlinge auch für Hühner eine große Gefahr dar. Aufgrund der extremen Enge, die in entsprechenden Betrieben herrscht, breiten sich diese hier rasend schnell aus, sodass nicht selten der gesamte Bestand getötet werden muss. Insbesondere in wirtschaftlicher Hinsicht ist dies für Geflügelfarmen, die sich beispielsweise auf die Produktion von Hähnchen spezialisiert haben, dramatisch, da die Produktion von Hähnchen oder anderen Geflügelprodukten häufig die einzige Einnahmequelle darstellt.
Krankheiten, wie die Geflügelpest, die Vogelgrippe oder Newcastle-Krankheit, können innerhalb kürzester Zeit dafür sorgen, dass der gesamte Bestand an Hühnern und anderem Geflügel umgehend vernichtet werden muss und stellen daher eine extreme Bedrohung für die Existenz solcher Betriebe dar. Darüber hinaus haben auch Parasiten, wie zum Beispiel Milben, einen negativen Einfluss auf die Gesundheit der Tiere. Aus diesem Grund ist eine gründliche Stallhygiene insbesondere in Großbetrieben unabdinglich. Durch regelmäßige Reinigungen und Desinfektionen lässt sich die Gefahr zumindest minimieren, sodass das Risiko einer Infektion oder eines Parasitenbefalls mithilfe der entsprechenden Maßnahmen auf ein Minimum reduziert werden kann.
Obwohl die enge Käfighaltung die Hühner für Krankheiten anfälliger macht, birgt auch die Freilandhaltung einige Gefahren. So kommen die Tiere hier mit Parasiten, die beispielsweise im Gras sitzen, in Kontakt, wodurch die Gefahr eines Befalls immer gegeben ist. Gesunde Hühner haben jedoch ausreichend Abwehrkräfte und können Parasiten so einiges entgegensetzen.
Zur Vermeidung von Krankheiten und Parasiten ist es daher zwingend erforderlich, die Hühner gesund zu erhalten, korrekte Haltungsbedingungen zu bieten und für maximale Hygiene im Stall, sowie auf der etwaigen Außenanlage zu sorgen.